Dinas Pariwisata Kutai Timur (Kutim) telah mengorganisir kawasan wisatanya menjadi tiga zonasi yang melibatkan berbagai kecamatan. Kepala Dinas Pariwisata Kutim, Nurullah, menyatakan bahwa setiap zonasi memiliki satu destinasi wisata utama.

Zona satu terletak di kawasan pesisir selatan yang meliputi Kecamatan Sangatta Selatan, Sangatta Utara, dan Bengalon. Di zona ini, Pantai Teluk Lombok adalah destinasi wisata utama, yang mencakup Teluk Lombok Sendiri, Teluk Kaba, dan Tanjung Prancis. Selain wisata alam, zona ini juga menawarkan desa budaya.

Zona dua berfokus pada kawasan wisata pesisir utara dengan Kecamatan Sandaran sebagai pusatnya. Di sini, Karst Sangkulirang-Mangkalihat yang segera menjadi destinasi wisata internasional dan Geopark adalah daya tarik utama. Zona ini juga menonjolkan pendakian kawasan karst yang membentang dari Kabupaten Kutim hingga Kabupaten Berau, serta wisata bersejarah seperti Goa Telapak Tangan di Kecamatan Karangan.

Zona tiga, yang berada di kawasan hulu pedalaman, kaya akan budaya leluhur. Di zona ini, Gua Maria Pengantar Segala Rahmat di Kawasan Gunung Kongbeng, Kecamatan Muara Wahau, menjadi unggulan. Gua ini, yang diresmikan oleh Bupati Kutim Ardiansyah Sulaiman pada tahun 2021, digunakan sebagai tempat ibadah oleh umat Katolik setempat.

Selain destinasi utama tersebut, Kutim juga memiliki banyak spot wisata lain yang masih perlu dikembangkan dan dipromosikan, seperti Danau Lelhut di Kecamatan Muara Wahau dan Danau Luah Putih di Kecamatan Muara Ancalong, yang belum banyak dikenal oleh wisatawan.